Tekst publikacji naukowej podlega dwustopniowej procedurze recenzji, zgodnie z zaleceniami Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Pierwszym etapem recenzji jest ocena tekstu przez redaktorów wydawnictwa Trzecia Strona. Wydawnictwo następnie decyduje czy tekst odrzucić czy przekazać do zewnętrznego recenzenta naukowego. Zewnętrzny recenzent naukowy, z tytułem doktora lub profesora, posiadający niezbędną wiedzę, doświadczenie i wykształcenie do oceny danego tekstu, musi spełniać wymóg niezależności, przez którą rozumie się osobę pracującą w innym ośrodku naukowym niż autor tekstu i nie pozostającą z nim w bezpośrednich relacjach osobistych. Zgodnie z zasadą double-blind review autorzy i recenzenci nie znają swoich tożsamości. Ponadto recenzent nie może uczestniczyć przewodzie doktorskim lub w postępowaniu habilitacyjnym autora w charakterze recenzenta.
Z recenzentem wydawnictwo zawiera umowę, zawierającą m.in. termin wykonania recenzji i sposób jej wykonania. Recenzent w ramach zlecenia wykonuje pisemną recenzję zawierającą:
- ocenę zasadności opublikowania tekstu;
- ocenę trafności i oryginalności podjętej problematyki;
- ocenę aktualności prezentowanego stanu wiedzy;
- listę zauważonych błędów merytorycznych wraz z propozycją zmian;
- ewentualne propozycje innych zmian np. w kompozycji tekstu, zmian językowych, stylistycznych itp., które wpłyną na zwiększenie atrakcyjności tekstu.
W przypadku recenzji zalecającej odrzucenie tekstu wydawca skieruje tekst do innego recenzenta. W przypadku powtórzenia negatywnej opinii tekst zostaje odrzucony. W przypadku uzyskania opinii przeciwstawnej wydawca prosi autora o ustosunkowanie się do zarzutów pierwszego recenzenta, po czym podejmuje decyzję o odrzuceniu tekstu lub skierowaniu go do dalszych etapów produkcji książki. Skierowanie tekstu do dalszych etapów produkcji musi być poprzedzone wprowadzeniem uwag recenzentów przez autora tekstu. W przypadku stwierdzenia przez autora braku zasadności uwagi autor zobowiązany jest do uzasadnienia odmowy wprowadzenie uwagi. Informacja o nazwiskach recenzentów jest podana w stopce autorskiej książki.